Der habilitierte Audiologe ist Leiter der Audiologie und Pädaudiologie der HNO-Universitätsklinik Köln (Cochlear-Implant-Zentrum Köln) und Direktor des Jean-Uhrmacher-Instituts für klinische HNO-Forschung der Universität zu Köln.
Das Cochlear-Implant-Zentrum der HNO-Klinik in Köln ist eins von dreien in Deutschland. Neben seiner Arbeit in dieser Einrichtung, in der Forschung und der Lehre an der Uni bildet Martin Walger auch HNO-Ärzte weiter.